использование аудио кодека mp3

А в чем разница? Да, битрейт будет чуть меньше, качество чуть выше (но это поймут только единицы). Все это мелочи.
Может есть какие то другие причины?

вобщето это это еденицы используют мп3 в видео, все уже давным давно используют аас при кодировании, темболиее я вобще невидел ни разу контейнер мп4 со звуковой дорожкой в мп3.
это только на муви такой эксклюзив. незнаю как у вас у меня так выигрыш обычно эдак 50-40% в битрейте и случшим качеством, кодирую по "качеству" что дает намного больший выигрыш в видео, а в мп3 разницы что постоянный и переменный(по качеству), ни по качеству и ни по битрейту нету выиграша, хотябы по этому аас лучше по качеству алгоритм кодировки намного лучше реализовам. ну а насчет качества аас по постоянному битрейту относительно мп3, то тут уже зависит от кодера FAAC, iTunes aac, nearoaac, в мп3 все однозначно лейм лучший. в аас считается лучшим от нейро чуть похуже iTunes, ну а самого низкого это FAAC (судя посему вы им пользуетесь раз кодите через ffmpeg), как не пародоксально FAAC пользуются не мало людей, но большинство хорошо разбирающихся пользуются только нейро.

а вобщеб хотелосьбы чтоб в будущем появилась поддержка WebM, тогдаб можно былоб спокойно запихать и огг в матреху ), по мне так самый лучший кодек если надо откодировать по "качеству".