Видео поток самого мелкого файла был просто скопирован (что закачали то и получили), видео поток большого файла был переконвертирован с максимально допустимым битрейтом.

Не понимаю в чем возникла проблема.

А можно два ваших файла как то получить, что бы посмотреть что к чему.

Наш конвертер настроен так что бы отконвертировать видео в наилучшем качестве, но к сожалению у него это не всегда получается :(